Файл: Методы для поиска в данных практической информации.docx
ВУЗ: Не указан
Категория: Не указан
Дисциплина: Не указана
Добавлен: 12.01.2024
Просмотров: 30
Скачиваний: 1
ВНИМАНИЕ! Если данный файл нарушает Ваши авторские права, то обязательно сообщите нам.
Биоинформатика включает в себя изучение и разработку компьютерных методов и направлена на получение, анализ, хранение, организацию и визуализацию биологических данных. Вычислительные биологи – это специалисты, которые специализируются на решение биологических задач, при помощи вычислительных систем и инструментов. Основными направлениями биоинформатики являются: биоинформатика последовательностей (поиск последовательностей в геноме человека), анализ экспрессий (анализ того, как наследственная информация от участка ДНК преобразуется в РНК или белок), структурная биоинформатика (анализ и предсказание трехмерной структуры белка, РНК и ДНК).
В биоинформатике применяются прикладная математика, статистика, информатика и другие предметы. Биоинформатика востребована в разных областях, таких как: биохимия, биофизика, генетика, экология и другие. Специалист работающий по профессии биоинформатик должен владеть различными языками программирования, владеть языками запросов к базам данных, обладать умением в структурирование и анализе данных.
Главной целью биоинформатики является понимание и предсказывание биологических процессов. При этом используются и создаются интенсивные вычислительные методы такие как:
-
распознавание предметов, процессов, сигналов и так далее в различных биологический процессах, -
методы для поиска в данных практической информации, -
машинное обучение, -
визуализация биологических данных, -
и другие.
Основные усилия направлены в следующие области:
-
анализ генетических полседовательностей, -
аннотация геномов, -
вычислительная эволюционная биология, -
оценка биологического разнообразия.
Анализ генетических последовательностей – это сравнение генома в рамках одного или нескольких видов, с целью нахождения одинаковых фрагментов. При помощи этого метода составляются филогенетические деревья, которые показывают эволюционные взаимосвязи между различными видами. Так как при поиске схожих фрагментов генома приходится анализировать тысячи различных генов
, состоящих из миллиардов пар нуклеотидов, приходится использовать специальные программы. Данные программы могут достаточно точно сопоставить похожие последовательности ДНК в геномах разных видов. При этом части такие последовательности могут иметь мелкие мутации, выраженные заменой, вставкой или выпадением отдельных нуклеотидов. В данном случае помогает машинное обучение, которое обучаясь на уже расшифрованных участках ДНК разных видов, понимает, где мутации, а где – нет.
Аннотация геномов – процесс маркировки генов и других объектов в последовательности ДНК. Специалисты, опираясь на уже известные функции генов, декодируют другие части генома. При этом так же применяются специальные программы, зачастую с использованием нейросетей.
Вычислительная эволюционная биология - раздел биологии, исследующий происхождение и появление видов, а так же их развитие. При этом используются следующие инструменты:
-
изучение эволюции большого числа организмов, путем анализа изменений ДНК, а не только изменение строения или физиологии, -
сравнение генома, что дает информацию о эволюционных событиях, таких как хромосомные перестройки или же удвоение хромосом, передача генетического материала организму-непотомку и так далее, -
создание компьютерных симуляций, чтобы предсказывать как поведет себя система в будующем.
Благодаря этому разделу можно проследить как изменялся тот или иной вид, а так же визуализировать возможные варианты, как будет изменятся вид в будущем.
Оценка биологического разнообразия – метод, при помощи которого определяют полную генетическую совокупность среды (капля воды, горсть земли, вся биосфера планеты Земля или живой организм), состоящую из всех обитающих видов. Для структурирования используются базы данных, а далее это визуализируется и анализируется. Так же при помощи специального компьютерного обеспечения симулируют модели популяционной динамики или вычисляют общее генетическое здоровье культуры, что может быть полезным агрономам. Один из важнейших потенциалов этой области – анализ последовательностей ДНК вымирающих видов для предотвращения этого в будущем или использовать результаты генетического эксперимента природы, если вид уже вымер.
Таким образом, биоинформатика – область науки, востребованная начиная от медицины, заканчивая сельским хозяйством, без которой другие науки не смогли бы существовать.