В осажденном городе продолжали работать учебные заведения. Всего на территории Севастополя было организовано девять подземных школ. При тусклом свете такой «коптилки» почти 2,5 тысячи севастопольских детей учились писать, считать и читать. Во время обстрелов и бомбёжек в годы Второй Героической обороны города школы «ушли» в бомбоубежища. Вместе занимались ребята с первого по четвёртый класс и с пятого по десятый. Подземные классы не были приспособлены к учебному процессу, поэтому в помещении меньше стандартного школьного кабинета могли заниматься около 60 человек. В таких тесных условиях дети учили математику, русский и даже немецкий язык. информации о жизни школы им. Короленко в период ВОВ очень мало. Известно, что 1941 году, во время первой оккупации, фашисты использовали здание в своих целях. Свое прибытие в Керчь фашисты ознаменовали настоящим зверством. Ими были отравлены и расстреляны 245 детей, большинство историков сходятся в том, что они были учениками именно школы им. Короленко. В ночь с 7 на 8 мая немцы наносят массированный удар артиллерии и танков на скопление советских войск. Всего за три дня фашисты прорывают Крымский фронт в центре Турецкого вала, где проходит шоссе на Керчь. К вечеру 13 мая противник начинает активно бомбить город - только за этот день на Керчь падает более 2 тысяч бомб. 14 мая немецкие войска выходят в нескольких местах на берег Керченского пролива и овладевают горой Митридат. Освободить Керчь от фашистов советским войскам удалось 11 апреля 1944 года. Отмечается, что освободителей встретило всего 30 человек – всё оставшееся население Керчи. 22 июня 1941 года началась война. Курсанты готовились к обороне города. Оборона Одессы продолжалась с 5 августа по 16 октября 1941 года, многие выпускники училища сражались в Одессе. 31 июля 1941 года был получен приказ об эвакуации училища вглубь страны 10 апреля 1944 года войска РККА освободили Одессу. В училище состоялись митинги по этому поводу. По приказу начальника училища полковника Арефьева началось формирование команды для восстановления Одессы и своего военного городка. 9 мая окончилась война. Многие выпускники брали Берлин и расписались на здании рейхстага.