Файл: Lection03.pdf

Ëåêöèÿ 3. Áàíêè áèîëîãè÷åñêèõ äàííûõ è ôîðìàòû äàííûõ

Êðóïíåéøàÿ èíòåãðèðîâàííàÿ ïîèñêîâàÿ ñèñòåìà ENTREZ äëÿ

íóêëåîòèäíûõ è àìèíîêèñëîòíûõ ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé,

áèáëèîãðàôèè (PubMed), ïîëíûõ ãåíîìîâ (Genomes), à òàêæå

òðåõìåðíûõ ñòðóêòóð áåëêîâ (MMDB) ñîçäàíà è

ïîääåðæèâàåòñÿ NCBI. Ïðè ýòîì ïîèñê ÄÍÊ è áåëêîâ íå

îãðàíè÷èâàåòñÿ òîëüêî ðåñóðñàìè GenBank, íî è äðóãèìè

äîñòóïíûìè ïî ñåòè õðàíèëèùàìè èíôîðìàöèè.

Ëåêöèÿ 3. Áàíêè áèîëîãè÷åñêèõ äàííûõ è ôîðìàòû äàííûõ

Ïîèñê è ïîëó÷åíèå äàííûõ èç GenBank ìîæåò îñóùåñòâëÿòüñÿ ñ

ïîìîùüþ íåñêîëüêèõ èíòåðôåéñîâ:

1

Ñàìûé ïðîñòîé èíòåðôåéñ äëÿ ïîëó÷åíèÿ è ïîèñêà

ãåíåòè÷åñêèõ ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé (íóêëåîòèäíûõ,

àìèíîêèñëîòíûõ è áåëêîâûõ) íàçûâàåòñÿ Entrez

Nucleotide. ×åðåç ýòîò èíòåðôåéñ óäîáíî èñêàòü

ïîñëåäîâàòåëüíîñòè ïî êëþ÷åâûì ñëîâàì (íàïðèìåð, âèä,

íàçâàíèå ãåíà, ãîä ïóáëèêàöèè, àâòîðû è ò.ä.)

Ëåêöèÿ 3. Áàíêè áèîëîãè÷åñêèõ äàííûõ è ôîðìàòû äàííûõ

1

Áîëåå êîìïëåêñíûé èíòåðôåéñ  BLAST (Basic Local

Alignment Search Tool)  ïîçâîëÿåò èñêàòü ñîâïàäåíèÿ íà

îñíîâàíèè íåïîñðåäñòâåííî íóêëåîòèäíûõ

ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé, à òàêæå êàðòèðîâàòü íàéäåííûå

ïîñëåäîâàòåëüíîñòè è ñðàâíèâàòü ñòåïåíü èõ ñîâïàäåíèÿ

äðóã ñ äðóãîì.

Ëåêöèÿ 3. Áàíêè áèîëîãè÷åñêèõ äàííûõ è ôîðìàòû äàííûõ

1

Íàèáîëåå ïðîäâèíóòûé, íî â òîæå âðåìÿ ãèáêèé,

èíòåðôåéñ äîñòóïà ê áàçå NCBI e-utilities. Îí ïîçâîëÿåò íà

ïðîãðàìíîì óðîâíå îáðàòèòüñÿ ê áàçå äàííûõ è ïîëó÷èòü

äàííûå â áàò÷-ðåæèìå (ìíîãî çàïèñåé åäèíûì áëîêîì).

Íàïèñàíèå ñêðèïòîâ âîçìîæíî â îáùåì-òî íà ëþáîì ÿçûêå

ïðîãðàììèðîâàíèÿ, íî óæå äîñòóïíû áèáëèîòåêè ïîä Perl

(BioPerl), Python (Biopython) è äð.

Ëåêöèÿ 3. Áàíêè áèîëîãè÷åñêèõ äàííûõ è ôîðìàòû äàííûõ

Âñå äàííûå â GenBank õðàíÿòñÿ â äâóõ îñíîâíûõ ôîðìàòàõ:

1

Íàòèâíûé ôîðìàò GB (êîòîðûé òàê è íàçûâàåòñÿ genbank),

2

îäèí èç íàèáîëåå øèðîêî ðàñïðîñòðàíåííûõ ôîðìàòîâ

õðàíåíèÿ è ïåðåäà÷è ãåíåòè÷åñêèõ äàííûõ  fasta.