ВУЗ: Не указан
Категория: Не указан
Дисциплина: Не указана
Добавлен: 09.11.2023
Просмотров: 3138
Скачиваний: 364
ВНИМАНИЕ! Если данный файл нарушает Ваши авторские права, то обязательно сообщите нам.
Общие SNP, Nature Genetics, 43 (2011): 519-25. дои: 10.1038/ng.823.
Для сложных признаков наследуемость SNP обычно составляет половину величины наследуемости близнецов, что может быть связано с тем фактом, что современные чипы SNP оценивают только общие SNP, тогда как большинство различий ДНК в геноме не являются общими. Было подсчитано, что современные чипы SNP помечают только около половины генетической изменчивости: Peter M. Visscher et al., «Evidence-based Psychiatric Genetics, aka the False Dichotomy between Common and Rare Variant Hypotheses», Molecular Psychiatry, 17 (2012 ) . ): 474-85. doi: 10.1038/м.
Имеются некоторые свидетельства того, что различия в ДНК, не относящиеся к SNP, редкие различия в ДНК и неаддитивные генетические эффекты способствуют отсутствию наследуемости. Что касается различий в ДНК, не связанных с SNP, варианты числа копий были предложены в качестве основного источника отсутствия наследуемости: Эрик Р. Гамазон, Нэнси Дж. Кокс и Леа К. Дэвис, «Структурная архитектура эффектов SNP на сложные признаки», Американский журнал генетики человека , 95 (2014): 477-89. doi: 10.1016/j.ajhg.2014.09.009.
Что касается редких вариантов, редкие варианты с частотами аллелей менее 5 процентов добавляют 2 процента к наследуемости роста SNP: Eirini Marouli et al., 'Rare and Low-frequency Coding Variants Alter Human Adult Height', Nature , 542 (2016): 186–190. дои: 10.1038/nature21039. Неаддитивная генетическая изменчивость также была предложена некоторыми в качестве основного источника отсутствия наследуемости: Or Zuk et al., «The Mystery of Missing Heritability: Genetic Interactions Create Phantom Heritability», Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 109 (2012 ) . ): 1193 8. doi: 10.1073/pnas.1119675109.
Было показано, что редкие различия в ДНК способствуют риску шизофрении, аутизма и умственной отсталости: Fatima Torres, Mafalda Barbosa and Patricia Maciel, «Рекуррентные вариации количества копий как факторы риска нарушений развития нервной системы: критический обзор и анализ клинических последствий», Journal of Медицинская генетика
, 53 (2016): 73-90. doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103366.
Шизофрения : Дэвид Х. Кавана и др., «Генетика шизофрении: новые темы для сложного расстройства», Молекулярная психиатрия , 20 (2015): 72-6. Аутизм : Майкл Ронемус и др., «Роль мутаций De Novo в генетике расстройств аутистического спектра», Nature Reviews Genetics , 15 (2014): 133-41. дои: 10.1038/nrg3585. Умственная отсталость : Lisenka ELM Vissers et al., «Генетические исследования умственной отсталости и связанных с ней расстройств», Nature Reviews Genetics , 17 (2016): 9-18. дои: 10.1038/nrg3999. Джоеп ди Лайт и др., «Диагностическое секвенирование экзома в
Лица с тяжелой умственной отсталостью», Медицинский журнал Новой Англии, 367 (2012): 1921-9. дои: 10.1056/NEJMoa1206524.
Еще одна часть загадки наследуемости отсутствующих SNP может заключаться в том, что исследования близнецов переоценивают генетическое влияние: Jian Yang et al., «Оценка генетической дисперсии с вмененными вариантами обнаруживает пренебрежимо малую недостающую наследственность для индекса роста и массы тела человека», Nature Genetics, 47 ( 2015 ) : 1114-20. doi: 1038/ng.3390. Кроме того, более сложные статистические методы могут сократить недостающий разрыв в наследуемости SNP: Frank Dudbridge, 'Polygenic Epidemiology', Genetic Epidemiology , 40 (2016): 268-71. doi: 10.1002/gepi.21966. Хувенбо Ши и др., «Противопоставление генетической архитектуры 30 сложных признаков по сводным данным ассоциации», Американский журнал генетики человека , 99 (2016): 139-53. doi: 10.1016/j.ajhg.2016.05.013. Дуглас Спид и др., «Переоценка наследуемости SNP в сложных человеческих чертах»,
bioRxiv (2016). дои: 10.1101/074310.
Важно отметить, что наследуемость SNP, а не близнецовая наследуемость, представляет собой потолок для исследований GWA, а также для полигенных оценок, полученных в этих исследованиях GWA, поскольку оба они ограничены общими SNP, оцениваемыми на современных чипах SNP. Роберт Пломин и др., «Общие маркеры ДНК могут объяснить более половины генетического влияния на когнитивные способности», Psychological Science , 24 (2013): 562-8. дои: 10.1177/0956797612457952.
1 ... 27 28 29 30 31 32 33 34 35
« Полигенная оценка веса » : получена на основе сводной статистики из: Адама Э. Локка и др., «Генетические исследования индекса массы тела дают новое представление о биологии ожирения», Nature , 518 (2015): 197-U401. дои: 10.1038/природа14177. Полигенная оценка индекса массы тела (ИМТ) предсказывает 6% дисперсии. На верхний SNPS для ИМТ в среднем приходилось 0,03% дисперсии, что соответствует эффекту в 100 граммов.
« полигенные баллы для общих медицинских расстройств » : я упомяну некоторые из моих полигенных баллов для медицинских признаков, потому что эти признаки имели самые большие выборки открытий GWA. С данными GWA, доступными прямо сейчас, полигенные профили могут быть созданы для десятков основных заболеваний, таких как ишемическая болезнь сердца, диабет 2 типа, мигрень, остеопороз, ревматоидный артрит, рак легких и воспалительное заболевание кишечника.
Полигенные оценки также доступны для многих физиологических характеристик, таких как холестерин, триглицериды, чувствительность к инсулину, частота сердечных сокращений в покое, кровяное давление и неврологические признаки.
Для многих из этих расстройств вам не нужна ДНК, чтобы узнать, страдаете ли вы в настоящее время. Например, вы можете уже знать, есть ли у вас диабет 2 типа, высокий уровень холестерина или сердечно-сосудистые заболевания. Большая разница в том, что полигенные баллы могут предсказать ваш генетический риск этих заболеваний, а не только оценить ваш текущий статус. Если у вас избыточный вес и малоподвижный образ жизни, вы подвержены риску диабета 2 типа. Но если у вас избыточный вес, малоподвижный образ жизни и высокий генетический риск, ваши шансы на развитие расстройства намного выше. Более того, в большинстве случаев диабет 2 типа не диагностируется до среднего возраста. К тому времени большая часть вреда от лишнего веса и малоподвижного образа жизни уже сделана. Знание своего показателя полигенности в более раннем возрасте дает вам больше шансов преодолеть генетические трудности, снижая вес, лучше питаясь и ведя более активный образ жизни.
Конечно, похудеть, лучше питаться и быть более активными было бы хорошо для всех нас. Но знание того, что у нас высокий риск заболеть диабетом 2 типа, скорее всего, побудит нас сделать это. Вы также можете контролировать уровень сахара в крови. Лекарства могут помочь, если диеты и физических упражнений недостаточно. Это маленькие шаги, которые нужно предпринять, и они не могут навредить вам, по крайней мере, по сравнению с тем, чтобы ничего не делать для снижения риска развития диабета 2 типа, который может привести к слепоте, диализу почек и даже ампутациям.
К счастью, у меня только средний полигенный риск диабета 2 типа, около 50-го процентиля. Для диабета 2-го типа мы создали мою полигенную шкалу на основе исследования GWA 25 000 случаев, в ходе которого было обнаружено более сотни значимых ассоциаций: Роберт А. Скотт и др., «Расширенное полногеномное ассоциативное исследование диабета 2-го типа у европейцев». , Диабет, 66 (2017): 2888-902. дои: 10.2337/db16-1253.
Мои полигенные баллы по другим медицинским расстройствам были лишь несколько выше среднего. Например, для воспалительного заболевания кишечника моя полигенная оценка была на уровне 62-го процентиля. Для воспалительного заболевания кишечника мы создали полигенные баллы на основе исследования GWA 86 000 случаев, в котором сообщалось о 38 значимых ассоциациях: Jimmy Z. Liu et al., «Анализ ассоциаций идентифицирует 38 локусов восприимчивости к воспалительным заболеваниям кишечника и подчеркивает общий генетический риск среди населения», Nature Genetics , 47 (2015): 979-86. doi: 10.1038/ng.3359.
Для рака легких моя полигенная оценка была на уровне 67-го процентиля. Для рака легких мы использовали исследование GWA, включающее 13 500 случаев, в котором сообщалось о нескольких значительных ассоциациях: Yesha M. Patel et al., «Новая ассоциация генетических маркеров, влияющих на активность CYP2A6 и риск рака легких», Cancer Research, 76 (2016): 5768 . -76. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-16-0446.
Мои полигенные баллы также были средними для физиологических переменных, связанных с заболеванием, таких как частота сердечных сокращений в покое (52-й процентиль). Для частоты сердечных сокращений в покое мы создали полигенные оценки на основе исследования GWA, в котором приняли участие 265 000 человек, в которых сообщалось о 64 значимых ассоциациях: Ruben N. Eppinga et al., «Идентификация геномных локусов, связанных с частотой сердечных сокращений в покое, и общие генетические предикторы со смертностью от всех причин». , Nature Genetics